بعد عودته، تم تعيينه قائداً أعلى للقوات المسلحة السودانية، في مارس/ آذار1985.
أثناء انتفاضة أبريل/ 1985، تسلم مقاليد الحكم في السودان، لإخراج البلاد من الأزمة السياسية، ولكنه سلمها بعد سنة لحكومة مدنية منتخبة كما تعهد أن يفعل قبل استلام المنصب، بحسب ما نقلته "سونا".
سوار الذهب اعتزل العمل السياسي ليتفرغ للأعمال الدينية والخيرية، إذ ترأس مجلس أمناء المنظمة الإسلامية في السودان، التي منح بسبب جهوده فيها جائزة الملك فيصل عام 2004. وقدم أيضاً بحوثاً في مؤتمرات متعددة عن الإسلام وكان عضواً في "11 مؤسسة إسلامية وعالمية".
