وعلى مر السنين، دافع بابا الفاتيكان بيوس الثاني عشر وقال أنه عمل لصالح الشعب اليهودي، و في عام 1999، وافق الفاتيكان على تعيين فريق من المؤرخين بالاشتراك مع اليهود والكاثوليك لفحص موقف المصالحة مع اليهود خلال الهولوكوست. وتحقيقا لهذه الغاية، قدم الفاتيكان وثائق مختلفة للفريق، لكنه لم يكشف عن الأرشيف بشكل كامل، وامتدت فترته من 1939 إلى 1958.
وأوضح الأرشيف أن الكنيسة كانت تعرف أكثر بكثير مما اعترفت به حتى، ويبدو أنها أخفت عمدا وثائق قد تؤدي إلى المزيد من الضرر لصورة الكنيسة في مواجهة الهولوكوست.
المجلة الألمانية "Die Zeit" نشرت وثيقة وهي عبارة عن رسالة من الولايات المتحدة إلى الفاتيكان في 27 سبتمبر 1942، تتضمن تقريرا مفصلا حول جرائم القتل الجماعي لليهود في جميع أنحاء بولندا المحتلة.
تم إرسال التقرير قبل شهر من مكاتب الوكالة اليهودية في جنيف إلى الولايات المتحدة. وبدورهم قام الأمريكيون بنقله إلى الفاتيكان من خلال ميرون تشارلز تايلور مبعوث الرئيس الأميركي الشخصي إلى البابا البابا بيوس الثاني عشر، وقد وجد المؤرخون الألمان دليلا على أن البابا قام شخصياً بمراجعة هذا التقرير في اليوم الذي تم فيه استلامه.
وفي 18 سبتمبر 1942، قبل تسعة أيام من تلقي الرسالة من الولايات المتحدة، تسلمت الفاتيكان تقريرا مماثلا من رجل أعمال إيطالي قام بزيارة بولندا وعند عودته توجه إلى جيوفاني مونتيني، مساعد البابا، وبعدها أصبح بابا الفاتيكان بولس السادس، حول المذابح "المروعة والمخيفة، والذبح الرهيب" الذي يتم يوم بعد يوم، في بولندا.
ولم يكن البابا في عجلة من أمره للرد على الطلب الأميركي، الذين طلبوا سماع موقفه بناء على المعلومات.
في 1 أكتوبر، تم تلقي طلب مرة أخرى من الولايات المتحدة، وبعد ذلك كتب مونتيني في وثائق داخلية أنه يجب إعداد جواب للأمريكيين، مشيرا إلى أن الكرسي الرسولي "سمع عن المعاملة القاسية لليهود"، لكنه لم يتمكن من تقييم دقة هذه المعلومات. وبهذه الكلمات أُرسل الفاتيكان الجواب إلى الولايات المتحدة في 10 أكتوبر 1942.
بالإضافة إلى حقيقة أن الكرسي الرسولي لم يدن علانية عمليات الترحيل إلى معسكرات الإبادة، الا انه في عام 1944، أرسل البابا برقية إلى الحاكم المجري يطلب فيه وقف ترحيل اليهود مما أدى الى حصول مبعوث البابا في المجر، انجيلو روتا على وسام الصالحون بين الأمم من قبل مركز ياد فاشيم لتخليد ضحايا الهولوكوست في القدس.
ومن المتوقع أن يستغرق مشروع البحث عدة سنوات، ويرجع ذلك إلى الكمية الضخمة من المواد التي تحتوي على ملايين الصفحات.
