وتركزت الانتقادات على السياسة التحريرية للقناة والاستضافة المسؤولين في شرطة الاحتلال الإسرائيلي والسماح لهم باستخدام مصطلحات "الإرهاب" و "المشاغبين" في وصف المرابطين والمرابطات في المسجد الأقصى المبارك.
وعبر القيادي في حركة حماس باسم نعيم عن استيائه من وصف قناة الجزيرة للمعتصمين الفلسطينيين بالقضى بالمشاغبين .وتساءل نعيم في تغريدة له" هل يعقل ان تصف الجزيرة المدافعين عن الاقصى بصدورهم بالمشاغبين ؟".
وقال الصحفي وائل الحلبي: "مذيع قناة الجزيرة ترك المتحدث باسم شرطة الاحتلال يصف المرابطين في المسجد الأقصى "بالإرهابيين" ومنحه الوقت والمساحة الكافية لسرد الأكاذيب دون توجيه أي سؤال استنكاري حول الاقتحام الهمجي للمسجد القبلي".
وأضاف: "في المقابل نفس المذيع تبنى وجهة نظر شرطة الاحتلال في سؤاله للسيد ناصر قوس من نادي الأسير الفلسطيني بل وحاول في سؤالين متتاليين التأكيد على رواية شرطة الاحتلال الكاذبة والتي تتهم المرابطين والمصلين بأنهم كانوا يبيتون نية التخريب".
أما الصحفية والناشطة نداء بسومي فكتب عبر تويتر: "غيرُ مفاجئ، لكنه محبط ما تقوم به الجزيرة في تغطيتها خلال الفترة الأخيرة، بدءًا من تسمية أبطالنا منفذي العمليات بالقتلى، وليس انتهاء بوصف المعتكفين بالمشاغبين على لسان شرطة الاحتلال ليست حيادية أن نقف مع المحتل في روايته، وليست موضوعية، وليست رأيًا ورأيًا آخر".
في ذات السياق، انتقدت منصة متراس سلوك القناة إذ شاركت إحدى التصريحات وعلقت عبر حسابها في تويتر: "نسيت الجزيرة أن ترفق لمصدرها شكراً على “تكرمه”بالسماح لأهل البيت أن يدخلوه، ولا نعرف إن كانت ستنضم لمحاولات الاحتلال تأديب “المشاغبين” منا".
أما الناشط ياسر عاشور فشارك صورة منسوبة للقناة تحمل تصريحات لأحد قادة شرطة الاحتلال معلقاً عليها: "نبذة عن تغطية الجزيرة لإرهاب الاحتلال في المسجد الأقصى المبارك".
في السياق كتب الناشط خالد طه عبر فيسبوك: "مقزز ومقرف أن نشاهد أبواق الجيش الصهيوني المحتل وهم يزيفون الحقائق على شاشاتنا…اليوم وبعد انكشاف زيف الإعلام الغربي وقيمه الكاذبة في تغطيته للحرب الأوكرانية، علينا أن نطالب الإعلام العربي باتخاذ خطوات مشابهة في مقاطعة الصهاينة ووقف إعطاء الصوت للقتلة …لم لا؟!".
وكانت قناة الجزيرة اعطت خلال احداث الاقصى مساحة واسعة للمتحدثين باسم الشرطة الاسرائيلية واعتمدت على مواد فيلمية بثتها الشرطة الاسرائيلية .